Mélida se encuentra enclavada en el valle medio del río Aragón en una de las terrazas pluviales del río en su margen izquierda, aunque una parte del término municipal se localiza en la margen derecha, ya que lo cambiante del trazado de los meandros del Aragón, hace que no sirva de límite con el municipio de Santacara. Limita al norte con el municipio de Santacara, al este con Carcastillo y las Bardenas Reales, al sur con éstas mismas y al oeste con Murillo el Cuende.

Podemos dividir el municipio en dos partes: al norte la baja llanura aluvial (335 metros de altitud) por donde discurre el Aragón y al sur una serie de terrazas fluviales escalonadas. En el borde de una de ellas se alza precisamente la villa de Mélida, a 349 metros de altitud, mientras que la más alta es el Plano que se localiza ya en plenas Bardenas Reales a 420 metros.
Naturaleza.

Dentro del término municipal de Mélida hay que destacar el Pinar de Santa Águeda, que cubre el saliente del Plano bardenero sobre el valle del Aragón. Está formado por pinos carrascos (Pinus halepensis), de tamaño medio, no muy espesos y con un nutrido estrato arbustivo, que, sin embargo, permite desplazarse sin dificultad dentro del pinar. También hay sabinas negras, enebro de la miera, algún lentisco, ollagas, tomillos, espliegos y abundante romero.

El río Aragón en su recorrido por el término municipal, también proporciona zonas de gran belleza catalogadas por el Gobierno de Navarra como “Enclaves Naturales”.

Asimismo y en las cercanías del término municipal de Mélida se encuentran otros lugares de gran interés naturalístico como la laguna de Pitillas, la laguna de Rada, el embalse del Ferial y sobre todo las Bardenas Reales, de las que Mélida es uno de los veintidós pueblos congozantes.
CLIMATOLOGÍA.

El clima de la zona es mediterráneo-continental, caracterizado por acusadas oscilaciones de temperatura a lo largo del año y precipitaciones escasas e irregulares. La temperatura media anual es de 14 ºC, pero los veranos son calurosos y los inviernos fríos.

Elemento característico de la zona son el cierzo y el bochorno. El primero es un viento frío y seco que sopla desde el noroeste hacia el sureste y el segundo un viento más cálido y húmedo que sopla en sentido contrario.